Ligesom andre iberiske rovdyr er den spanske kejserørns skæbne bundet til den europæiske kanin, hvis bestande i to omgange blev ramt af voldsomme decimerende sygdomsforløb. Et sygdomsforløb første gang i slutningen af 50’erne og et senere i 1988 forårsagede en voldsomt tilbage, og efterlod en stor og udpræget mangel på bytte over hele Spanien.
Det efterlod i første og værste omgang en voldsom tilbagegang for den spanske los, som ikke kunne omstille sig til andre byttedyr, som nadre rovdyr kunne. Men også flere rovfugle som eks.vis kejserørnen, hvis hovedføde er kaniner, blev voldsomt påvirket
Dette medførte at Kejserørnene havde vanskeligt ved at fange tilstrækkeligt med bytte til deres unger, hvilket igen medførte stor unge-dødelighed. Ynglehastigheden var ynkelig, ungerne sultede eller dræbte hinanden i rederne.
For de unger der kom på vingerne var kollision med elledninger og elektrisk stød skyld i mange døde, et problem der i 1980’erne tegnede sig for 80% af dødeligheden blandt førsteårsfuglene. Og som om situationen ikke var desperat nok, bukkede sultne rovfugle, der gik over til at leve af ådsler, under for ulovligt forgiftet lokkemad.
Men takket være intensiv trusselshåndtering, bevidstgørelse og genindførelse fra et område til et andet, vender spanske fuglebeskyttelsesgrupper over årene langsomt tilbagegangen til fremgang.
Ambitiøse netværksgrupper blev etableret på tværs af hele ørnens distributionsområde i Spanien. Afspejlet i nabolandet Portugal var rovfuglebevarelsen fokuseret på habitatforvaltning med hensyn til kaninpleje, bekæmpelse af ulovlig forgiftning og bevidstgørelse. Der blev oprettet supplerende ernæringsprogrammer, og mere end 14.000 farlige elektriske pyloner blev identificeret og repareret.
De stenede, bytterige bakker og aktive lokale ekspertise i Cádiz-provinsen gjorde det til det perfekte sted at øge antallet gennem genindførelse. Fem ynglepar blev efterhånden etableret i området, hvilket gav en ny bestand-kerne. Fugle, der stammer herfra, er kendt for at have ynglet i Portugal, Castilla-La Mancha, Sierra Morena og Coto Doñana.
Nu tæller bestanden over 600 par og spanier og fugleentusiaster ser den berømte ”kongelige silhuet” styrer luftrummet over Spaniens beskyttede områder, fra klipperne i Extremadura til trætoppene i Coto Doñana, og fuglen er et stort trækplaster for mange af verdens fugleinteresserede. Endnu bedre udtrykker spaniere nu deres begejstring over, at det nu muligt igen, at se disse storslåede ørne strejfe henover Andalusiens landbrugsområder og vider, hvor de igen er ved at blive et velkendt syn.